Berdasarkan klasifikasi iklim menurut Schmid dan Ferguson kawasan Taman Nasional Manusela termasuk dalam daerah dengan tipe iklim A dengan nilai Q 27,9 . Rata-rata curah hujan tahunan berkisar antara 1500-2500 mm dengan temperatur udara 25-35ºC dengan kelembaban udara rata-rata 82,90 - 93,50%. 
Kawasan TNM berbatasan dengan :
- Sebelah utara, berbatasan dengan garis pantai sebelah barat Desa Pasahari, Tanjung Mual sampai Labuhan menuju ke selatan Desa Soka menyusuri anak sungai Wai Teluarang menuju Desa Roho, Sawai dan mengikuti garis pantai ke arah barat menuju Desa Saleman.
- Sebelah Timur, membentang mulai dari Desa Lairuku di Kawasan Seram Selatan ke utara menuju Desa Manusela, Maraina, Kanikeh kembali ke arah timur menuju Desa Hatuolo menyusuri sungai Wae Isal sampai ke Desa Pasahari.
- Sebelah selatan, berbatasan dengan Desa Laimu, Manoaratu, Tehoru, Mosso, Yaputih sampai ke Desa Saunulu.
- Sebelah barat, berbatasan dengan Desa Saunulu dan Tanjung Mual di sebelah selatan terus ke arah barat laut menyusuri Wae Kawa sampai Desa Saleman.
Taman Nasional Manusela secara ekologis memiliki tujuh tipe vegetasi, yaitu berturut-turut dari pantai ke puncak gunung Binaya adalah sebagai berikut:
- Hutan mangrove (mangrove formation)
Vegetasi mangrove merupakan jalur sempit, letaknya tepat di belakang pantai berpasir yang agak tinggi di sepanjang pantai utara. Perkembangan terbaik terdapat di sepanjang Tanjung Mual dan Muara Wai Isal.
Jenis tumbuhan dominan antara lain Tancang (Sonneratia alba), Bakau-bakauan (Rhyzopora acuminata, Rhyzopora mucronata), Bruguiera sexangula, Api-api ( Avicenia sp) dan Nipah (Nypa fructicans).
- Vegetasi pantai ( beach formation)
Vegetasi di Taman Nasional Manusela berkembang dengan baik di sepanjang pantai utara yang berpasir. Di daerah pesisir bagian selatan (walaupun di luar kawasan) sudah jarang ditemukan vegetasi pantai alami. Jenis-jenis tumbuhan yang dominan adalah Ipomea pescaprea, Svinivax litoralis, Terminalia cattapa, Pandanus sp, Casuarina equisetifolia .
- Hutan rawa dataran rendah (lowland swamp forest)
Formasi ini merupakan kelompok-kelompok kecil yang perkembangannya kurang baik, letaknya di belakang hutan mangrove di pantai Utara. Jenis-jenis tumbuhan yang dominan adalah Nauclea sp, Ficus nodosa, Baringtonia racemosa, Eugenia sp, Callophyllum soulatri, Callophyllum inophyllum, Alstonia scholaris, Anthocephalus cadamba. Daerah ini, khususnya di sekitar Wai Isal dan Wai Mual. Pada musim kemarau yang berkepanjangan daerah ini sangat rawan kebakaran.
- Vegetasi tebing sungai (riverbank vegetation)
Tipe vegetasi ini perkembangannya sangat baik di sepanjang sungai-sungai utama: Wai Mual dan lembah Wai Kawa. Jenis-jenis yang ditemukan di daerah ini antara lain: benuang ( Octomeles sumatrana), Ficus sp, Litsea sp, Eugenia spp, Diospyros sp, Vitex gofasus dan Alstonia spectabilis.
- Hutan hujan dataran rendah (lowland rain forest)
Tipe vegetasi ini menutupi sebagian besar dataran rendah Wai Mual dan lembah wai Kawa di bagian utara sampai dengan ketinggian 500 meter dpl. Jenis-jenis penyusunnya antara lain meranti (Shorea seilanica, Shorea montigena), kayu kapur (Hopea spp), kayu raja (Koompassia malaccensis), kenari (Canarium spp), bintanggur (Callophyllum inophyllum), merbau (Intsia bijuga), pala hutan (Myristica succdaea, Myristica aromatea), dan Podocarpus spp.
- Hutan hujan pegunungan (mountain rain forest)
Tipe vegetasi ini dijumpai di seluruh pegunungan Murkele, dan gunung Kobipoto, pada ketinggian antara 500 - 1.500 mdpl. Jenis-jenis yang ditemukan adalah Agathis alba, Agathis phillipinensis, Casuarina montana, Duabanga moluccana, Diospyros sp, Pterocarpus blumeii.
Hutan hujan pegunungan juga kaya akan jenis-jenis rotan dan liana, tetapi secara umum dapat dikatakan hutannya dengan tumbuhan bawahnya yang jarang. Pada tempat yang lebih tinggi tumbuhan bawahnya bertambah dengan perdu dari jenis Impatens sp, Dianella sp, Brumania sp, Dacrydium sp, Phyllocladus sp, dan Podocarpus sp
- Hutan lumut (alpine/moss forest)
Hutan lumut terletak di atas ketinggian 1.500 meter dpl, dan ditandai dengan pohon-pohonnya yang berukuran kecil dengan berbagai bentuk yang tertutup dengan lumut dan paku-pakuan yang biasanya tumbuh di atas tanah atau sebagai epifit. Tumbuhan utama antara lain Rhododendron sp dan Angiostris sp.
Potensi Flora
Kekayaan flora yang dimiliki TNM berupa 187 jenis/genus dari 55 famili diantaranya 97 jenis anggrek dan 598 jenis paku-pakuan (pakis), dimana terdapat jenis endemik paku binaya (Cyathea binayana).
Jenis vegetasi yang ada di TNM mPapua. Jenis flora zona Australia yang terdapat dalam kawasan ini antara lain Eucalyptus spp., sedangkan jenis flora khas Asia meliputi Shorea selanica (Dipterocarpacea) yaitu jenis meranti yang pertumbuhannya paling timur Indonesia, nyamplung (Calophyllum inophyllum), langsat hutan (Aglaia argentea), durian (Durio spp.) dan lain-lain.
Jenis-jenis vegetasi yang ada di TNM terdiri merupakan keturunan flora Asia/Sulawesi yang mempunyai beberapa unsur Australia-dari hutan mangrove dan hutan pantai (0-5 m dpl), hutan dataran rendah (5-100 m dpl), hutan hujan primer dataran rendah (100-500 m dpl), hutan hujan primer pegunungan (500-2.500 m dpl), lumut (2.500-2.600 m dpl).
Vegetasi hutan mangrove ditandai oleh jenis pedada (Sonneratia alba), bakau (Rhizophora apiculata), bidu (Bruguiera sexangula), api-api (Avicennia officianalis) dan nipah (Nypa fruticans). Vegetasi ini letaknya tepat di belakang pantai berpasir yang agak tinggi dan merupakan jalur sempit. Perkembangan terbaiknya berada di sekitar tanjung Wae Mual dan sungai Wae Isal. Dibelakang jalur mangrove pada rawa dataran rendah terdapat jenis-jenis butun darat (Barringtonia recemosa), beringin (Ficus nodosa) dan pulai (Alstonia scholaris).
Perkembangan terbaik vegetasi hutan pantai di sepanjang pantai bagian utara dengan jenis-jenis yang mendominir antara lain tapak kuda/katang-katang (Ipomoea pescaprae), rumput jara-jara (Spinifex littoralis), ketapang (Terminalia catappa), pandan (Pandanus sp.), dan cemara laut (Casuariana equisetifolia).
Potensi Fauna
Pulau Seram hanya memiliki delapan jenis mamalia terestrial yang asli Seram terdiri dari tiga jenis Marsupial, yaitu bandicoot/mapea (Rhyncomeles prattorum), Kusu/Kuskus (Spilocuscus maculatus dan Phalanger orientalis) dan lima jenis Rodensia, yaitu Melomys aerosus, Melomys fulgens, Melomys fraterculus, Rattus ceramicus dan Rattus feliceus.
Di Taman Nasional Manusela dapat dijumpai jenis mamalia yang lebih besar seperti Rusa (Cervus timorensis), babi hutan (Sus scrofa dan S. Celebebsis), anjing liar (Canis familiar), kucing liar (Felis catus) dan musang (Paradoxurus hermaphroditus, Vivera tangulunga).
Ada 26 jenis kelelawar di kawasan Taman Nasional Manusela antara lain Rousettus amplixicaudus, Pteropus melaopogon, Pteropus ocularis dan Macroglossus minimus (Macdenald et al., 1993).
Penelitian tentang burung di pulau Seram sudah dimulai sejak abad 17. Bowler dan Taylor (1993) menguraikan dengan jelas perkembangan penelitian tersebut. Pada saat ini kekayaan jenis burung Seram sudah diketahui sebanyak 196 species burung, 124 spesies diantaranya merupakan jenis menetap sedangkan 72 spesies adalah jenis burung migran. Sebanyak 13 jenis diantaranya merupakan jenis endemik Seram. 
Birdlife International Indonesia Programme telah menetapkan Daerah Burung Endemik (DBE) Seram yang mencakup pulau Seram dan pulau-pulau kecil di sekitarnya (Ambon, Saparua, Boano, dan Haruku). 30 Jenis merupakan burung dengan sebaran terbatas, yakni burung yang penyebaran berbiaknya kurang dari 50.000 km², 14 diantaranya endemik (Sujatnika et al., 1995). Jenis burung sebaran terbatas di pulau Seram ada 28 jenis, dimana 8 jenis diantaranya adalah jenis burung endemik. Kasturi tengkuk ungu (Lorius domicella) dan Kakatua Maluku (Cacatua moluccensis) kondisinya sekarang terancam punah, karena adanya penangkapan untuk diperdagangkan (Shannaz et al., 1995). selain dua jenis di atas, terdapat jenis burung endemik lain seperti Diacrum vulneratum, raja udang (Halycon lazuli, H.sancta dan Alcedo atthis), Nuri Raja/Nuri Ambon (Alisterus amboinensis), Nuri Kepala Hitam (Lorius domicella), burung madu besar (Philemon subcorniculatus), serta Kasuari (Casuarius casuarius) .
Studi tentang reptilia di pulau Seram masih jarang. Penelitian yang dilakukan pada Ekspedisi Operation Raleigh di kawasan Taman Nasional Manusela menemukan 46 jenis reptilia, terdiri dari kura-kura air tawar (1 jenis), penyu laut (4 jenis), buaya (1 jenis), kadal (24 jenis) dan ular (17 jenis) (Edgar dan Lilley, 1993).
Tingkat endemisme reptil di pulau Seram termasuk rendah, hanya satu jenis kadal endemik Seram, yaitu Dibamus seramensis. Terdapat pula Soa-soa (Hydrosaurus amboinensis), Dua jenis ular Calamaria ceramensis dan Thyphlops kraai walaupun sedikit ditemukan juga di pulau-pulau sekitarnya. Buaya (Crocodylus porousus) sering dijumpai di sungai Wae Toluarang dan Wae Mual.
Dalam kawasan Taman Nasional Manusela terdapat 8 jenis amphibia yang tergolong dalam famili Ranidae, Hylidae dan Microhylidae. Jenis-jenis yang termasuk dalam famili :
- Ranidae adalah Platymantis papuensis, Rana modesta dan Rana grisea ceramensis
- Hylidae adalah Litoria vagabunda, Litoria sp. (Bicolor group), Litoria amboinesis, Litoria infrafenate
- Microhylidae adalah Phrynomantis fusca
Jenis kupu-kupu yang terdapat dalam Taman Nasional Manusela diperkirakan sebanyak 90 jenis (FAO, 1981), antara lain famili :
- Papilionidae yaitu Ornithoptera priamus, Ornithoptera goliathorocus, Papilio ulysses, Papilio fuscusfuscus, Grafthium stresemani.
- Pieridae yaitu Si cantik Delias manuselensis, Delias sp., Hebomoia leucippe leucippe, Valeria jobaea eisa, Enaema candida candida.
- Danidae yaitu Idea idea, Danaus chovsippus, Danaus hanata nigra, Eupolea ciimena melina, Eupolea sp.
Ada beberapa jenis kupu-kupu endemik Seram yaitu Epimastidia staudingeri dan Hypochrysops dolechallii
Potensi biota perairan baik di sungai maupun di air laut belum dilakukan penelitian secara mendetail, walaupun secara umum dapat dikatakan bahwa di sepanjang pantai utara antara Sasarata sampai dengan Pasahari maupun di Tanjung Sawai memiliki potensi yang sangat baik.
Dengan demikian maka perlu ditargetkan adanya suatu penelitian terpadu mengenai potensi perairan, sehingga dapat dilakukan suatu kajian secara lengkap.
Kondisi Topografi
Kawasan Taman Nasional Manusela yang mencakup 20% dari keseluruhan luas pulau Seram, keadaan topografinya sebagian besar bergelombang dan lahannya merupakan pegunungan kapur. Topografi yang ada ini mulai dari dataran(dataran Mual) di bagian utara, bergelombang sedang- berbukit sampai bergunung-gunung dengan ketinggian 0 - 3027 meter di atas permukaan laut.
Kemiringan berkisar antara 30 - 60 % mulai dari gunung Markele sampai gunung Binaya yang merupakan puncak tertinggi. Sebagian besar kawasan ini memiliki kelerengan yang sangat terjal dengan lembah-lembah yang dalam. Bagian yang relatif landai terletak di bagian utara sekitar Wahai dan Sasarata serta bagian selatan di daerah Hatumete, Hatu dan Woke.
Berdasarkan ketinggian tempat di atas permukaan laut, kawasan Taman Nasional Manusela dapat dibedakan menjadi empat kategori, yaitu:
a. Dataran rendah di bawah ketinggian 500 meter dpl
b. Dataran tinggi antara 500 - 1500 meter dpl
c. Daerah pegunungan dengan ketinggian antara 1500-2500 meter dpl
d. Zona sub alpin dengan ketinggian antara 2500 - 3027 meter dpl
Potensi objek wisata
TNM dikenal sebagai objek wisata alam dengan daya tarik tersendiri dengan pemandangan alam yang indah dan menarik serta topografi berbukit-bukit di antaranya tepi Markele, lembah Manusela, tepi Kobipoto, dataran Mual sebelah utara dan lembah Wae Kawa di sebelah selatan. Atraksi yang bisa dinikmati adalah menjelajah hutan, panjat tebing, pengamatan satwa/tumbuhan.
Kawasan TNM banyak memiliki keunikan dan kekhasan, seperti lembah Manusela dengan pemandangan alamnya yang menarik dan keadaan iklimnya yang segar dan menyenangkan, lembah Piliana yang kaya akan jenis kupu-kupu, Sawai dengan aneka karang lautnya yang indah sangat cocok untuk kegiatan snorkeling dan diving disamping itu di daerah Sawai dan sekitarnya juga dapat dinikmati pemandangan tebing sawai yang indah atau wisata tirta yang dapat dinikmati dengan menggunakan fasilitas kapal cepat dan longboat milik Balai TN. Manusela. Pusat informasi TN. Manusela juga terdapat di Negeri Sawai tepatnya di sekitar Dusun Masihulan. Pengelolaan wisata alam di Sawai dan sekitarnya melibatkan multipihak seperti LSM (Yayasan Wallacea yang mengelola PRS Masihulan), Pemerintahan Negeri Sawai sebagai perwakilan Pemerintahan Daerah Maluku dan pihak masyarakat atau pengusaha yang berperan aktif dalam mengembangkan kegiatan wisata alam di daerah Sawai dan sekitarnya , air panas di Tehoru serta kegiatan safari rusa di padang Pasahari. 
Di kawasan TNM banyak ditemukan bunga anggrek, bunga bangkai (Rafflesia sp.), hutan yang khas dan indah, vegetasi alpin dan pakis endemik yang sangat disukai rusa karena merupakan pakan rusa yang enak. Selain itu, TNM dapat dimanfaatkan sebagai sarana/tempat penelitian lapangan karena keanekaragaman flora dan fauna langka dan endemik, penelitian farmasi (jenis tanaman obat-obatan) serta penelitian jenis tanaman yang merupakan makanan alternatif bagi masyarakat.
Selain itu, di luar kawasan TNM pada daerah penyangga pada beberapa objek wisata seperti penginapan terapung di Teluk Sawai, budi daya mutiara, sumber air panas (Geiser) di Tehoru, jembatan tali dan menara pengintai secara alam dan tali-temali hutan di Piliana dan Masihulan, serta wisata budaya berupa adat istiadat kebudayaan dan upacara suku asli Pulau Seram di sekitar TNM.
Musim kunjungan terbaik adalah bulan Mei s.d Oktober setiap tahunnya.
Aksesibilitas:
Lokasi TNM dapat dicapai melalui Wahai dan Saleman dari arah pantai utara atau melalui Tehoru. Alternatif-alternatif rute perjalanan menuju TNM dapat diuraikan sebagai berikut:
- Dari Ambon ke Saleman-Wahai dapat ditempuh dengan menggunakan kapal motor yang memakan waktu 24 jam. Kapal motor ini memiliki jadwal perjalanan 3 kali seminggu. Perjalanan dari Wahai ke lokasi taman nasional dapat ditempuh dengan jalan kaki.
- Lewat pantai selatan, TNM ditempuh melalui kota Ambon ke Tehoru-Saunulu-Mosso dengan kapal motor yang memakan waktu 9 jam. Jadwal kapal motor berjalan adalah 4 kali dalam seminggu. Perjalanan selanjutnya ke lokasi taman nasional hanya dapat ditempuh dengan jalan kaki.
- Perjalanan lewat darat dapat dilakukan dari Ambon ke Tulehu dengan waktu tempuh 45 menit. Selanjutnya dari Tulehu ke Amahai dapat dicapai dengan long boat cepat yang memerlukan waktu 1 jam 45 menit. Perjalanan dari Amahai ke Tehoru dilakukan lewat jalan darat selama 3 jam selanjutnya diteruskan dengan speed boat ke Saunulu/Mosso selam 30-60 menit. Pengunjung dapat pula memilih rute perjalanan darat menuju taman nasional bagian utara. Rute ini ditempuh dari Amahai ke Saleman melewati Masohi yang membutuhkan waktu 3 jam dilanjutkan dengan speed boat menuju Wahai yang memakan waktu 2 jam.
- Perjalanan memasuki TNM dari Saunulu/Mosso dilakukan dengan jalan kaki melalui jalan setapak dan mendaki tebing-tebing pegunungan sehingga pemandu dan pembawa barang sangat diperlukan.
- Dari sisi utara, kawasan TNM dapat ditempuh melalui jalan trans-Seram dari Wahai ke Sasarata. Rute ini dapat dilalui roda empat. Selanjutnya dari Sasarata menuju kawasan taman nasional bagian tengah/selatan dapat ditempuh dengan jalan kaki menuju jalan setapak yang menghubungkan Kaloa-Hatuolo Maraina, dan Manusela. Perjalanan ini memerlukan waktu kurang lebih 2 hari.
- Apabila pengunjung membawa kendaraan roda empat, perjalanan dilakukan dari Ambon ke Liang dengan waktu tempuh ± 1,5 jam. Selanjutnya dari Liang ke Kairatu ditempuh selama ± 2 jam dengan menggunakan ferry. Dari Kairatu ke Saka ditempuh dengan jalan darat selama ± 3,5 jam.
- Rute terbaru untuk menuju Taman Nasional bagian utara yaitu dari Ambon bisa langsung menggunakan pesawat Merpati jenis twin otter Menuju ke Wahai, dari Wahai ke Sasarata dan selanjutnya perjalanan dilakukan dengan jalan kaki menuju kawasan.
Informasi dan Perijinan :
Balai Taman Nasional Manusela
Jalan Kelang no 1 kotak pos 09 Masohi 97511 Maluku Tengah
Telpon /fax (0914) 22164
